Beliau menyertai latihan ketenteraan yang haram pada tahun 2001. Beliau terbabit kepada kegiatan jihad sewaktu berlakunya percanggahan antara agama iaitu kumpulan Kristian dan kumpulan Islam di Poso pada 1998 sehingga 2001. Beliau telah pun dikenali untuk diilhami daripada Abu Bakar Ba'asyir. Sebahagian kenyataan membuat pernyataan yang beliau pernah belajar mengenai Islam daripada Pondok Pesantren Al Mu'min di Kecamatan Ngruki, Surakarta, Jawa Tengah.

Berasaskan daripada temuduga dengan Andi Baso Tahir yang pernah menjadi rakan lama Santoso di Kampung Tokorondo bahawasannya Santoso pernah dipenjarakan kerana tindakan kecurian kepada muatan kereta kotak di Bandar Poso pada tahun 2006. Beliau telah pun dipenjarakan sehingga satu tahun. Selepas akhirnya bebas daripada penjara, beliau sempat berhenti untuk menyertai kegiatan ketenteraan sekali-sekali dan bekerja sebagai peniaga yang menjual pisau cencang, perkakas memasak dan pakaian-pakaian.

Rakan yang sama pernah membiarkan Santoso untuk boleh menetap di rumah dari rakan Santoso di Kampung Masani yang terletak pada pantai Poso pada tahun 2012 dan Santoso mula menjadi seorang qari.[2]

Sejurus selepas itu, Santoso berpindah menuju ke Tamajenka dan berjumpa dengan Bado atau Uwah. Mereka berdua terbabit kepada tindakan pembunuhan dua orang pegawai polis di Bandar Tamajenka pada bulan November 2012. Dua orang yang bernama Andi Sapa dan Sudirman itu telah ditemui dalam satu lubang lumpur dan telah pun dipotong tekaknya. 300 orang anggota polis Indonesia dan tentera kebangsaan Indonesia yang berada di Gunung Biru di Tamajenka telah pun ditarik balik selepas tak berjaya untuk menemui Santoso.[3]

Pada 10 Julai 2013, sudahpun dikatakan bahawa Santoso mampu didapati dalam satu video selama enam minit dimuat naik ke YouTube. Beliau memerihalkan yang Detasmen Istimewa 88 (Densus 88) dan Polis Indonesia sebagai musuh dan syaitan yang sebenar. Santoso berkata dalam video tersebut:

"Saudara saya dalam Bandar Poso, saya sudahpun merasakan betapa kejam Densus 88 kepada orang-orang yang lemah. Hari ini, Allah Yang Maha Berkuasa sudahpun memutuskan bahawa jihad akan diteruskan sehingga Hari Penghakiman,"[4][5]

Negara Islam Iraq dan Syam

Santoso berjanji taat kepada ISIS pada Julai 2014. Berasaskan kepada kenyataan dari BBC, telahpun dilaporkan bahawa Bahrun Naim ialah menjadi penghubung bagi ISIS dan Mujahiddin Indonesia Timur.